PINDAH IBUKOTA REPUBLIK INDONESIA dari Jakarta ke Yogyakarta Januari tahun 1946 atas kerelaan dan biaya sepenuhnya Sri Sultan Hamengkubuwono IX.
Kraton Ngayogyokarto Hadningrat sepenuhnya mendukung Republik Indonesia Moriil maupun Materiil. Bung Karno dan Keluarga tinggal di Gedung Agung ex Kediaman Gubernur Djendral Belanda dan Bung Hatta tinggal di Kadipaten Pakualaman.
Kala itu Kraton Yogyakarta sepenuhnya mendukung Pemerintahan Republik Indonesia! Kepatihan disekitar Malioboro pun menjadi Pusat Pemerintahan dan Sidang2 Kabinet pun diadakan disana. Sultan atas bantuan Haji Bilal menyediakan Perumahan Menteri di Taman Juwono Dagen dan daerah Sagan.
Para menteri pun mendapat kendaraan Sepeda Raeligh buatan Inggris dari Kraton Yogyakarta. Kendaraan Presiden pun disediakan Kraton Yogya yaitu mobil sedan Buiqh sebagai mobil RI - 1. Keperluan Negara yang sedang berjuang kala itu, sepenuhnya di tanggung Keraton Yogyakarta.
Ketika akhir tahun 1949, Pemerintah RI akan balik ke Jakarta Sri Sultan Hamengkubuwono IX masih nyangoni Bung Karno 6 Juta Gulden sambil berkata; " Bung hanya ini sisa yang bisa saya berikan untuk melanjut kan perjuangan Republik di Jakarta, semoga bermanfaat." Bung Karno pun terharu menitikan air mata sambil memeluk Sri Sultan : " Matur nuwun Ngarsodalem, Indonesia pasti merdeka!"
Dalam kepemimpinannya ke depan Bung Karno sangat hormat dan respek dengan Sri Sultan Hamengkubuwono IX dan menganggap beliau sebagai Saudara tua yang berjasa bagi Indonesia.
Bung Karno selalu menyebut Sri Sultan HBIX sebagai " NGARSADALEM SAMPEYAN DALEM INKANG SINUWWUN KANJENG SULTAN SENAPATI ING NGALAGA SAYIDIN PANATAGAMA KALIFATULLAH " , Kata Bung Karno: " Ingat Negeri Ngayogyakarto itu sudah ada, sebelum Indonesia ada dan di pimpin Ngarsodalem Hamengkubuwono IX, beliau saudara tua Indonesia!" Di ucapkan dalam sidang kabinet perpisahan sebelum republik kembali ke Jakarta, diceritakan oleh M Natsir menteri penerangan masa itu.
